Au début XIIe siècle, le duc de souabe Frédéric le Borgne de Hohenstaufen se lance dans une campagne guerrière ayant pour but de ramener l'ordre dans la région trouble du royaume de Germanie, l'Alsace. En effet, la guerre fait rage entre les partisans de l'empereur comme les Hohenstaufen et ceux du pape comme la grande famille comtale alsacienne de l'époque, les Dabo-Eguisheim. C'est sur les ruines d'un de leurs châteaux que durant la campagne, est bâtit une forteresse autour de laqelle se développe la ville d'Haguenau. Mais la réalisation la plus notable du duc, fut le château du Haut-Koenigsbourg, construit illégalement sur un emplacement stratégique au cœur de l'Alsace et des territoires de la famille comtale. Le château conserve un atout majeur, il n'est pas une résidence seigneurial, ni même le chef lieu d'une seigneurie, bien qu'il fait partie des biens familiaux des Hohenstaufen, qui accèdereront à la dignité impérial.
Le château est mentionné pour la première fois en 1147 sous le nom de "castrum Estufin". Le nom de Koenigsbourg n'apparaitra que 50 ans plus tard.L'extinction des Hohenstaufen en 1254, fait perdre en importance stratégique le chateau. Concurrencé par des forteresse plus moderne comme l'Ortenbourg tout proche et construit en 1262, le château connait également des problèmes de succession. Le château devient une copropriété entre les barons de Rathsamhausen qui ont hérité d'une grande partie des biens alsaciens de la famille impérial, et les comtes de Werde qui en inféode les Hohenstein. Les bâtiments ne sont plus entretenue et le château se délabre.
En 1450, les Lützelstein qui ont perdu la Petite-Pierre se réfugie dans la forteresse avec leurs partisans pour fuir l’électeur palatin. Ce dernier assiège et prend la place forte 4 ans plus tard. Le château devient alors un nid à brigands qui rançonnent les voyageurs. C'est pourquoi en 1462 une cohalision menée par les villes de Bâle et de Strasbourg et comprenant la ville de Colmar, l'archiduc d'Autriche, le comte de Ribeaupierre ainsi que l'évêque de Strasbourg assiège puis détruise le château.
En 1479, l'empereur Frédéric III, inféode la ruine au Tierstein pour les récompenser de la guerre qu'ils ont mené contre la Bourgogne. Ces derniers doivent reconstruire le château afin de matérialiser la frontière ouest des Habsbourg. Mais les Tierstein voient également le fait de montrer leurs réussite et se lancent dans la modernisation de la forteresse. Le donjon est rabaissé et deux puissantes tours d'artillerie sont construites. En 1516 des opérations guerrière dans la région menace le château et les Tierstein rendent la forteresse aux Habsbourg. Mais le château perd en importance, la maison d'Autriche n'investit plus dedans sans pour autant le délaisser. Elle le maintiens en état et continue d'y stocker armes et nourritures permettant de tenir un siège éventuel.
La menace Française commence à planer sur l'Alsace, et les Habsbourg décident de fortifier leurs possessions alsaciennes. C'est dans cette optique que le château est une nouvelle fois modernisé entre 1560 et 1570. Mais en 1633, les Suédois assiègent la forteresse. Celle ci résiste 52 jours avant qu'un incendie ne se déclare et provoque l'abandon total du site. Quand la France finis par envahir l'Alsace, la ruine a déjà perdu toute importance stratégique.
